鉴定SINEs的方法及在鱼类基因组中的研究

THE METHODS OF IDENTIFYING SINES, STUDIES IN FISH GENOME

  • 摘要: 在高等真核生物的基因组中, 编码蛋白质的基因所占比例不到基因组的5%, 大部分是无明显功能的、 高度变异的中度和高度重复序列1。这就是散在重复序列和串联重复序列2。随着人类基因组计划的完成和基因组学研究的发展,重复序列的研究不但逐渐成为一个新的研究领域, 而且还为系统发育和生物信息学提供了一个新的技术平台。在重复序列的研究中, 返转座元件一直是人们关注的热点, 它是真核生物基因组的内源性组件, 主要分为两类:一是能编码返转座酶的自主性返转座元件, 主要有长末端返转座子(The long termi2nal repeat, LTR) 和非长末端返转座子(non 2LTR)。比较典型的就是长散在核重复序列(Long interspersed elements, LINEs) ;二是不能编码返转座酶的非自主性返转座元件, 主要有假基因和短散在核重复序列(Short interspersed elements, SINEs)3。对这些序列研究的第一步就是从基因组中分离该序列, 随着生物技术的革新, 分离和鉴定一个新的 SINEs 在不断的发展, 现综述与 SINEs 特性和分离有关的内容。

     

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